Misaka, jedna ze sedmi nejsilnějších lidí na škole, je hlavní postavou příběhu a dokáže ovládat elektrické pole, které ji obklopuje. Žije v Academy City, "vědeckém městě budoucnosti", kde žijí více než 2 miliony studentů, kteří se učí ovládat své esper (nadpřirozené) schopnosti - z nichž někteří jsou silnější než jiní. Většinou se snaží jednat správně, ale není nad to, vzít věci do vlastních rukou a tu a tam porušit nějaká pravidla. Je to o jejích zkouškách, útrapách a zkušenostech, jak vyrůstá obklopena svými přáteli. Toaru Kagaku no Railgun je plnohodnotný "vedlejší příběh" k Toaru Majutsu no Index, kde tamní vedlejší postava (Misaka) dostává svůj vlastní ucelený příběh a pohled na věc a zároveň zasahuje do souběžně probíhajících událostí Indexu 1. Jedná se o druhý příběh v celé zastřešující dějové linii - nejprve byste měli shlédnout Index 1, ale MUSÍTE ho shlédnout před Reilgun S (alias Railgun 2).