Takato und Guilmon gehen auf eine Reise nach Okinawa, wo sie einen Tamer namens Minami treffen. Kaum zurück in ihrer Heimat Japan verwandelt sich plötzlich ein populäreres Cyber Haustier in einen Computervirus, welches alle Computer befällt, welche mit ihm in Kontakt kommen. Als das Virus beginnt sich auszubreiten, versucht Takato herauszubekommen, warum die Digimon plötzlich seinen neuen Freund, Minami, angreifen und in welchem Zusammenhang das mit dem neuen Virus steht.