Dopo la partenza di Tony, Gibbs è alla ricerca di un degno sostituto. Al termine di un importante caso, che coinvolge anche l'agente Nick Torres (dato per morto da un anno) e la responsabile degli addestramenti delle reclute Alexandra Quinn, i due accettano la proposta di unirsi alla squadra del MCRT, divenendo nuovi agenti operativi. Presto si unirà a loro l'agente Clayton Reeves dell'MI6, poiché ha accettato di far parte della pericolosa operazione Willoughby, che avrà conseguenze dolorose per la squadra ed in particolare per Bishop che perderà il suo nuovo fidanzato.