Een Pokémon-wetenschapper die een nieuw Mirage-systeem heeft ontwikkeld om uitgestorven Pokémon weer tot leven te wekken. Satoshi, Haruka, Masato en Takeshi verschijnen in het Mirage Mansion voor een demonstratie van deze nieuwe machine, maar zijn getuige van de ontvoering van de wetenschapper! Dan verschijnt er een mysterieuze vreemdeling die beweert dat de machine daadwerkelijk Pokémon kan maken zonder zwakke punten. Het is aan Satoshi en zijn bedrijf om het natuurlijke evenwicht van de Pokémon-wereld te behouden.