Red komt aan in Saffron City en vindt overal de vingerafdrukken van Team Rocket op. Als hij een secretaresse van Silph Co. redt, komt hij erachter dat Team Rocket het bedrijf heeft overgenomen! Dit komt voort uit hun wens om de Master Ball in handen te krijgen, de ultieme Poké Ball die al jaren in ontwikkeling is. Er wacht Red echter nog een verrassing in Viridian City, en dit zou wel eens de grootste tot nu toe kunnen zijn!